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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

上海崇明多家集贸市场“智慧”升级******

　　“今天猪肉是18块一斤，数据平台上蔬菜、肉类等价格一目了然，特别清楚。”近日，由上海市崇明区经委牵头，多家集贸市场“智慧”升级。从传统的农贸市场到新兴的生态市集，人们买菜的环境不断改善、体验不断提升，老百姓的“菜篮子”拎得更放心。

　　目前，全区51家集贸市场中，已通过验收的生态市集有9家，其中二星级生态市集4家，一星级生态市集5家，取得了阶段性成效。

　　上午8点，位于崇明区港西镇的盘西农贸市场里，人头攒动，前来购物的沈先生买了两斤猪肉，对价格和肉质都颇为满意。在盘西农贸市场，各摊位商户配备了统一的智能电子秤，菜品上秤后就会立即显示类别、净重、单价、金额等信息，并实时上传到数据库。“有了这些日常交易数据，就可以追溯菜品的源头，把控质量安全就有了科学参考。”盘西农贸市场相关负责人龚明表示。

　　信息技术是一项不可或缺的资源，是生态市集建设与管理的“润滑剂”，一批智能设备应用在生态市集改造中，通过统一的数据管理为稳定的菜价保驾护航。“特别是在遇到节日供应、恶劣天气等特殊情况时，我们可以通过系统，及时发现苗头性、趋势性问题，进行预警发布，落实应急预案，保障供应价格稳定。”龚明说。

　　记者了解到，4724平方米的盘西农贸市场是附近居民买菜购物的首选。2022年，盘西农贸市场在原有基础上进行改造，增设消防楼梯、服务台、农残检测室、湿垃圾处置室，完善内部排水系统，并设立顾客休息区，各项设施一应俱全。“比原来干净多了，买东西也很方便。”家住附近的市民直呼满意。

　　与此同时，位于崇明区绿华镇的崇西集贸市场也“换新”归来。之前集贸市场是网格式围栏，一到冬天，人就被西北风吹得浑身打颤。现在菜场四周建起了围墙，安装了窗户，即刻变成了“大暖棚”。此外，市场顶棚也重新改造升级，杜绝了漏雨、漏风的情况发生，暖心的改造获得市民好评。

　　据悉，下一步，崇明区经委将以全市“智慧菜场”创建为抓手，进一步加强生态市集硬件的系统建设，引导市场配置电脑、大屏幕、信息平台、数字哨兵、监控设备等软硬件设施来实现市场内亮证经营、明码标价、价格公示、肉菜源头可追溯等智慧管理的目标，保证市民百姓舌尖上的安全。

　　“我们将赋予集贸市场多元化的业态功能模块，打造和谐共享的生态空间，探索一套‘生态空间、生态管理、绿色消费、绿色服务’的生态市集建设管理新模式。”崇明区经委市场运行科施玉华表示。（光明日报全媒体记者颜维琦通讯员魏娜）

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）